Факультет богословия ЕГУ основал доктор филологии и философии, профессор, архиепископ Шаке Ачемян в 1995 году. Факультет является единственным центром подготовки специалистов по богословию, теологии и церквоведению. Изначально на факультете действовали две кафедры: богословия, истории и теории религии. В 2007 была создана кафедра истории армянской церкви и церквоведения, которая в 2022 году была присоединена к кафедре богословия.

На факультете действует трехступенчатая система обучения: бакалавриат, магистратура и аспирантура.

На факультете преподают ведущие специалисты республики, которые осуществляют активную научно-педагогическую деятельность. Преподаватели факультета в качестве приглашенный специалистов читают лекции в зарубежных университетах, проходят переподготовку в престижных международных учебных и научных заведениях.

На факультете богословия ЕГУ печатается «Сборник богословских и теологических статей», в котором публикуются научные труды как ЕГУ, так и других вузов республики.

Факультет тесно сотрудничает с целым рядом европейских университетов, особенно с Галле-Виттенбергским университетом имени Мартина Лютера (Германия).

На факультете периодически выступают с лекциями приглашенные специалисты из Франции, Германии и других европейских стран.

Студенты имеют возможность получить квалификацию педагога, участвуя в курсах педагогического образовательного блока (на платной основе). Профессиональная практика студентов организуется в Институте археологии и этнографии НАН РА и в разных культурно-исторических объектах Армении. Повседневная студенческая жизнь становится более насыщенной и интересной благодаря активной деятельности студенческих структур.

На факультете действует библиотека «Ачемян», в которой содержится уникальная библиография.

Выпускники богословского факультета разных лет работают в различных областях государственной системы РА, а также в сфере науки, культуры и др.