Доктор медицинских наук, профессор, заслуженный деятель науки АССР
Родился 10 июня 1857 года в Нор Баязете (в настоящее время - Гавар). Учился в 1-й гимназии в Тифлисе до 8-го класса, затем уехал в Париж, получил частное образование и в 1885 г. окончил медицинский факультет Парижского университета Сорбонны.
В 1889 году вернулся в Тифлис и был назначен городским санитарным врачом, одновременно работал в городской лечебнице лор-врачом, причём нищих больных лечил бесплатно.
1892-1893 гг. был одним из активных организаторов борьбы с эпидемией холеры.
Во время гражданской войны был главным врачом инфекционного госпиталя № 15, созданного для красноармейцев в Пятигорске. В 1920 году работал консультантом и экспертом в военных госпиталях Тифлиса, был заместителем председателя правления Армянского общества Красного Креста, а позже и председателем.
С 1922 года он заведовал кафедрой анатомии медицинского факультета ЕГУ, затем кафедрой анатомии ЕрМИ.
В 1926 году ему было присвоено звание профессора, в 1936 г. - ученая степень доктора медицинских наук.
В.М. Арцруни развернул обширную деятельность в области здравоохранения школьников и по праву считается одним из основоположников школьной гигиены в Армении. По его инициативе в ряде школ было введено преподавание здравоохранения и физкультуры.
Учёный издал около 30 популярных медицинских буклетов и газету «Арогджапахик терт» («Здравоохранительная газета») (1903-1905). На основе многолетних занятий в школах он опубликовал также ценный труд «Школьное здравоохранение» (1895).
В 1922 году вышло в свет стеклографическое издание его учебника «Анатомия человека». Он также является автором романов «Иллюзия» и «Девушка».
Велики заслуги учёного в области систематизации медицинской терминологии. В 1924 году В.А. Арцруни опубликовал ценный труд «Словарь русско-латино-армянских медицинских терминов», который на протяжении десятилетий был настольной книгой для врачей и студентов.
В 1930 году ему было присвоено звание заслуженного деятеля науки АССР.
В 1943 году награжден медалью «За трудовую доблесть».
Скончался 29 июля 1947 года в Ереване.
Бронзовый бюст В.М. Арцруни установлен в вестибюле центрального корпуса ЕГУ, а памятная доска прикреплена к стене дома № 28 по улице Парпеци в Ереване.
Его имя носит основанный им Музей анатомии человека в Ереванском государственном медицинском университете, где хранятся его сердце и мозг.
